李翔宇

博士、副教授、硕士生导师

基本信息

办公电话：51684116 电子邮件： lixiangyu@bjtu.edu.cn
通讯地址：北京交通大学逸夫楼 邮编：100044

教育背景

2013.8~2019.7    清华大学自动化系，获工学博士学位（导师：张学工教授和张奇伟教授）

2009.8~2013.7    吉林大学数学学院统计专业，获理学学士学位

工作经历

2019.07-至今 北京交通大学 软件学院

2023.01-2024.01  英国剑桥Sanger研究所 访问学者

中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员、中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会委员

研究方向：生物信息学、机器学习



研究方向

  • 软件工程理论与技术
  • 人工智能与大数据
  • 软件服务工程
  • 智能交通领域软件工程
  • 软件工程

招生专业

  • 软件工程硕士

科研项目

国家自然科学基金青年项目: 整合单细胞转录组数据与空间转录组数据的细胞异质性分析方法, 2021-2023 (主持)

基本科研业务费人才基金: 单细胞组学数据的表示学习, 2019-2024 (主持)

教学工作

《人工智能基础》（本科课程）

《科技论文写作》（本科课程）

《算法设计与实践》（本科课程）

《数据科学与知识发现》（研究生课程）

论文/期刊

Ÿ代表性论文(通讯作者#, 共同一作*)：

[1] Li X, Chen W, Chen Y, Zhang X, Gu J#, Zhang Q. M#. (2017). Network embedding-based representation learning for single cell rna-seq data. Nucleic Acids Research, 45(19), e166.(IF=19.16)

[2] Guo T*, Yuan Z*, Pan Y, Wang J, Chen F, Zhang Q. M#, Li X#. (2023) SPIRAL: integrating and aligning spatially resolved transcriptomics data across different experiments, conditions, and technologies. Genome Biology, 24(1): 241. (IF= 17.4)

[3] Guo T, Chen Y, Shi M, Li X#, Zhang Q. M#. (2022).Integration of single cell data by disentangled representation learning. Nucleic Acids Research, 50(2), e8. (IF=19.16)

[4] Wu G, Li X#, Guo W, Wei Z, Hu T, Shan Y, Gu J#. (2022). JEBIN: analyzing gene co-expressions across multiple datasets by joint network embedding. Briefings in Bioinformatics, bbab603.(IF=13.994)

[5] Yan A*, Xiong J*, Zhu J*, Li X*,Xu S, Feng X,  Ke X, Wang Z, Chen Y, Wang H, Zhang, Q. M#, Kee K#. (2022).DAZL regulates proliferation of human primordial germ cell by direct binding to precursor miRNAs and enhances DICER processing activity. Nucleic Acids Research,gkac856 ( IF=19.16, 共同一作)

[6] Huo Y, Guo Y, Wang J, Xue H, Feng Y, Chen W, Li X#. (2023) Integrating multi-modal information to detect spatial domains of spatial transcriptomics by graph attention network. Journal of Genetics and Genomics, 50(9), 720-733. (IF= 5.9 )

[7] Huo Y*, Wang J*, Liu C, Wang J, Wang C, Guo W, Yuan Z, Guo T, Gu J, Li X#.(2024) CancerSRT: A Spatially Resolved Transcriptomics Database for Human Cancers. Journal of Genetics and Genomics. (Accepted, IF=5.9)

[8] Li X., & Chen W. (2021) Label Preserved Heterogeneous Network Embedding.  In International Conference on Neural Information Processing (pp. 121-132). Springer, Cham.





专著/译著

专利

软件著作权

获奖与荣誉

北京交通大学优秀主讲教师


学术报告 

07/2021  报告，中国生物工程学会第五届青年科技论坛

01/2021  邀请报告，北京协和医学院

04/2019  邀请报告，北京大学医学部，医学信息学系

02/2019  邀请报告，北京大学医学部，医学信息学系

01/2019  邀请报告，国家蛋白质科学中心·北京

11/2018  海报，Cold Spring Harbor Asia meeting on Frontiers in Single cell Genomics

10/2018  邀请报告，北京大学医学部，医学信息学系

08/2018  报告&海报，Pilot Projects for a Human Cell Atlas Europe Retreat

04/2018  邀请报告，北京大学医学部，医学信息学系

11/2017  邀请报告，中科院计算技术研究所

11/2016  海报，Cold Spring Harbor Asia meeting on Frontiers in Single cell Genomics















社会兼职

《Journal of Genetics and Genomics》青年编委

《Genome Biology》、《Nucleic Acids Research》、《 Briefings in Bioinformatics》、《Communications Biology》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》、《IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics》等期刊审稿人