包尔固德

博士、副教授、博士生导师

基本信息

办公电话:51684116 电子邮件: baoe@bjtu.edu.cn
通讯地址:逸夫楼西709 邮编:100044

教育背景

2009-2014年,美国加州大学河滨分校计算机与工程系,博士(导师:Tao Jiang教授和Thomas Girke教授)
2006-2009年,北京交通大学软件学院,硕士
2002-2006年,北京交通大学计算机与信息技术学院,本科

工作经历

2014年至今,北京交通大学软件学院,副教授,中国计算机学会会员,主要研究方向为生物信息算法设计与数据挖掘,包括基于深度学习和人工智能的大数据处理

研究方向

  • 软件工程(专业学位)
  • 软件工程应用
  • 软件服务工程

招生专业

  • 软件工程硕士

科研项目

近五年正在主持和主持过5项科研项目,还参与过国家自然科学基金重大项目和美国国家自然科学基金项目

教学工作

[1] 离散数学(本科课程)
[2] 软件体系结构(本科课程)
[3] 软件工程概论(本科课程)
[4] 高级算法设计与分析(硕士课程;课程负责人)
[5] 高级软件体系结构(硕士课程;课程负责人
[6] 算法设计与复杂度理论(博士课程;课程负责人

论文/期刊

代表性论文(共同第一作者#,通讯作者*):
[1] Ergude Bao*, Fei Xie, Changjin Song, Dandan Song*. FLAS: fast and high throughput algorithm for PacBio long read self-correction. Bioinformatics (special track for RECOMB-Seq), 2019
[2] Ergude Bao#*, Changjin Song#, Lingxiao Lan. ReMILO: reference assisted misassembly detection algorithm using short and long reads. Bioinformatics. 2018
[3] Ergude Bao#*, Lingxiao Lan#. HALC: High throughput algorithm for long read error correction. BMC Bioinformatics, 2017
[4] Ergude Bao, Tao Jiang, Thomas Girke*. AlignGraph: algorithm for secondary de novo genome assembly guided by closely related references. Bioinformatics (special issue for ISMB), 2014
[5] Ergude Bao, Tao Jiang, Thomas Girke*. BRANCH: boosting RNA-Seq assemblies with partial or related genomic sequences. Bioinformatics, 2013
[6] Ergude Bao, Tao Jiang, Isgouhi Kaloshian, Thomas Girke*. SEED: efficient clustering of next generation sequences. Bioinformatics, 2011
[7] 包尔固德*, 李伟生, 范东睿, 杨扬, 马啸宇. Godson-T众核体系结构上的Broadcast性能优化. 计算机研究与发展, 2010

专著/译著


专利


软件著作权

获奖与荣誉

[1] 2019年在第六届计算生物学与生物信息学学术会议作特邀报告
[2] 2018年在湖南师范大学作特邀报告
[3] 2018年在第七届生物信息青年PI研讨会作特邀报告
[4] 2017年在东北林业大学作特邀报告
[5] 2015年入选北京市青年英才计划

合作者:
[1] 湖南师范大学信息科学与工程学院谢民主教授
[2] 清华大学生命科学学院张强锋教授
[3] 北京理工大学计算机学院宋丹丹教授
[4] 北京交通大学计算机与信息技术学院周雪忠教授
[5] 中国科学院动物研究所邹振教授
[6] 东北林业大学生命科学学院郑志民教授和张庆祝教授
[7] 美国加州大学河滨分校计算机与工程学院Tao Jiang教授、植物科学学院Thomas Girke教授和Isgouhi Kaloshian教授

社会兼职

[1] 国家自然科学基金评审人
[2] Bioinformatics期刊审稿人
[3] ISMB会议审稿人