包尔固德

博士、副教授、博士生导师

基本信息

办公电话:51684116 电子邮件: baoe@bjtu.edu.cn
通讯地址:逸夫楼西709 邮编:100044

教育背景

2018年5月23日:我们的创新创业项目被评为国家级创新创业项目!恭喜团队成员!
2018年4月4日:我们的创新创业项目获得优秀和学院第一,并被推荐为国家级创新创业项目!恭喜团队成员!
2018年3月1日:联合培养的学硕解菲在领域顶级会议“The 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB)”的“The 8th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing (RECOMB-Seq)”发表第一作者论文,并将于4月赴法国巴黎作大会报告!恭喜解菲!
2018年1月9日:我们研发的PacBio长read纠错软件HALC被评测为性能最好的长read纠错软件!详情请见:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754317301660。
2017年12月1日:我们的创新创业项目获得资助以及专利授权!恭喜团队成员!
2017年10月19日:学硕兰凌潇获得国家奖学金!恭喜凌潇!
2017年8月15日:学硕宋长进在领域顶级SCI期刊《Bioinformatics》发表第一作者论文,创造了硕士第一年发表顶级SCI期刊的历史!恭喜长进!
2017年5月26日:我将于5月28-6月3日在美国奥兰多参加并行计算领域顶级会议“The 32nd IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS)”!
2017年5月3日:我受东北林业大学张庆祝教授邀请,将于5月11-12日赴黑龙江哈尔滨作特邀报告!
2017年3月31日:我入选博士生导师,将于今年秋季招收博士生,欢迎感兴趣的同学报考我的博士!
2017年3月23日:学硕兰凌潇在领域优秀SCI期刊《BMC Bioinformatics》发表第一作者论文,并将于7月在捷克布拉格召开的领域顶级会议“The 25th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)”上作poster展示!恭喜凌潇!

工作经历

我的主要研究方向为生物信息算法设计与数据挖掘,包括基于深度学习和人工智能的大数据处理,主持和参与了多项国家自然科学基金项目,并在领域顶级SCI期刊和顶级会议发表若干篇第一作者论文,随论文发布的软件亦为世界各国用户下载和使用。博士毕业于美国排名前50的University of California, Riverside的计算机与工程系,师从领域著名学者姜涛教授(ACM fellow)和Thomas Girke教授。于2011年受University of California, Los Angeles (UCLA)资助参加了该校举办为期半年的生物信息研讨会;于2014年在美国波士顿召开的领域顶级会议“The 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)”上作大会报告。于2014年入选“青年英才计划”;于2016年获“青年长江学者”提名;于2017年入选博士生导师。

研究方向

  • 软件服务工程
  • 软件工程(专业学位)
  • 软件工程技术
  • 软件工程理论

招生专业

  • 软件工程硕士
  • 软件工程(专业学位)硕士
  • 软件工程博士

科研项目

主持项目:
[1] 更高效的PacBio长read纠错算法的研究;国家自然科学基金;2016.1 - 2018.12;26万元
[2] PacBio长read纠错算法的研究;北京交通大学科研启动基金;2015.5 - 2017.5;15万元
参与多项美国国家自然基金项目,以及973重大项目。

教学工作

[1] 离散数学(全英文)
[2] 软件体系结构(全英文)
[3] 软件工程概论(全英文)

论文/期刊

部分第一作者或通信作者(*)论文:
1、生物信息算法设计与数据挖掘方向:
[1] Ergude Bao,Fei Xie,Changjin Song,Dandan Song;HALS: Fast and High Throughput Algorithm for PacBio Long Read Self-Correction;Proceedings of the 8th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing (RECOMB-Seq), in conjunction with the 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB);Paris,France;2018(领域顶级会议子会)
[2] Ergude Bao(*),Changjin Song,Lingxiao Lan;ReMILO: Reference Assisted Misassembly Detection Algorithm using Short and Long Reads;Bioinformatics;2017(领域顶级SCI期刊,影响因子7.307)
[3] Ergude Bao(*),Lingxiao Lan;HALC: High Throughput Algorithm for Long Read Error Correction;BMC Bioinformatics;2017(领域优秀SCI期刊,影响因子2.448)
[4] Ergude Bao,Tao Jiang,Thomas Girke;AlignGraph: Algorithm for Secondary de novo Genome Assembly Guided by Closely Related References;Bioinformatics;Proceedings of the 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB);Boston,MA;2014(领域顶级SCI期刊/会议,影响因子7.307)
[5] Ergude Bao,Tao Jiang,Isgouhi Kaloshian,Thomas Girke;SEED: Efficient Clustering of Next Generation Sequences;Bioinformatics;2011(领域顶级SCI期刊,影响因子7.307)
[6] Ergude Bao,Tao Jiang,Thomas Girke;BRANCH: Boosting RNA-Seq Assemblies with Partial or Related Genomic Sequences;Bioinformatics;2013(领域顶级SCI期刊,影响因子7.307)
2、并行计算方向:
[7] 包尔固德,李伟生,范东睿,杨扬,马啸宇;Godson-T众核体系结构上的Broadcast性能优化;计算机研究与发展;2009(国内顶级期刊)
[8] Ergude Bao,Yang Yang,Hui Chen,Yuanyuan Lu,Xiao Liu,Weisheng Li;A Study and Implementation of Self-Adaptive Allocation Algorithm for Parallel Program;Proceedings of the 5th IEEE/ACM Conference on Soft Computing as Transdisciplinary Science and Technology (ICSTST);France;2008
3、其它方向(图像处理、云计算、软件过程):
[9] Weiwei Xing,Yahui Zhao,Ergude Bao(*);An Improved Hybrid Method for Image Super-Resolution;IET Computer Vision;2016(SCI期刊,影响因子0.878)
[10] Lei Chen,We Lu,Ergude Bao(*);Naive Bayes Classifier Based Partitioner for MapReduce;IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences;2018(SCI期刊,影响因子0.274)
[11] Wei Lu,Weidong Wang,Ergude Bao(*),Liqiang Wang,Weiwei Xing,Yue Chen;FAQS: Fast web service composition algorithm based on QoS-aware sampling;IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences;2016(SCI期刊,影响因子0.274)
[12] 包尔固德,李伟生;一种基于浓缩Huffman表的Huffman算法的研究与实现;微电子学与计算机;2007
[13] 包尔固德;软件过程模型合理性检查规则的研究;北京交通大学第17届慧光杯论文比赛一等奖;2007

专著/译著


专利


软件著作权

获奖与荣誉

部分合作者:
[1] 北京理工大学计算机学院宋丹丹教授
[2] 清华大学生命科学学院张强锋教授
[3] 内蒙古微云信息技术有限公司
[4] 北京斯迪曼科技有限公司

博士生和学硕:
[1] 兰凌潇(2015级;本科:电子科技大学)
[2] 解菲(2016级;本科:北京理工大学;联合培养)
[3] 宋长进(2016级;本科:北京理工大学)
[4] 何欣雨(2017级;本科:北京交通大学;联合培养)
[5] 黄师恩(2018级;本科:北京交通大学,ACM-ICPC铜牌)

社会兼职

1、我于2017年秋季开始招收博士,欢迎感兴趣的同学报考我的博士!
2、我当前所有学硕都毕业于985/211高校,欢迎985/211高校的同学报考我的学硕!
3、我每年招收6个专硕,招收的专硕需要有一定的互联网开发经验,特别是后端开发或PHP开发经验,欢迎有相关经验的同学报考我的专硕!