刘一

博士、高聘教授

基本信息

办公电话：010-51684931 电子邮件： yiliu@bjtu.edu.cn
通讯地址： 邮编：

教育背景

2004 北京大学 理学学士

2009 北京大学 工学博士

工作经历

2009.7-2012.3

中国科学院遗传与发育生物学研究所 助理研究员

2012.3-2012.8

中国科学院上海生命科学研究院 中科院-德国马普学会计算生物学伙伴研究所 副研究员

2012.9-2014.9

北京交通大学计算机与信息技术学院 副教授

2014.10-2018.9

北京交通大学计算机与信息技术学院 卓越百人计划高聘教授

2018.10-今

北京交通大学计算机与信息技术学院 副教授 

研究方向

  • 机器学习与认知计算
  • 人工智能及应用
  • 计算机技术
  • 软件工程
  • 人工智能
  • 网络与信息安全
  • 大数据技术与工程

招生专业

  • 计算机科学与技术硕士
  • 计算机技术硕士
  • 软件工程硕士
  • 人工智能硕士
  • 网络与信息安全硕士
  • 大数据技术与工程硕士
  • 计算机科学与技术博士

科研项目

  1. 北京市科委：基于大数据的交通计算若干问题研究，2013-11-01--2014-10-31，50.0万元，参加
  2. 教育部：“数字媒体信息处理” 教育部创新团队－子课题5，2013-01-01--2015-12-31，10.0万元，参加
  3. 国家自然科学基金“面上”：细胞分化与转化过程中关键调控规律的逆向工程研究，2018-01-01--2021-12-31，直接经费52.0万元，主持
  4. 国家自然科学基金“面上”：基于基因缺失突变数据的组合调控规律推断研究，2014-01-01--2017-12-31，60.0万元，主持
  5. 国家自然科学基金"青年基金"：基于相似性的图像特征逆向学习算法与应用，2014-01-01--2016-12-31，26.0万元，主持
  6. 基本科研业务费专题项目：复杂疾病的基因组关联分析与上位效应检测算法研究，2014-01-01--2016.12.31，35.0万元，主持。
  7. 人才基金：基于空间约束稀疏编码和相似度的图像分类算法研究，2014-11-01--2017-10-31，30.0万元，主持。
  8. 专项：临床研究支撑技术与临床科研一体化网络的研究，2009-12-31--2013-12-31，20.0万元，参加
  9. 专项：中医药临床医疗科研信息一体化，2012-01-01--2013-12-31，20.0万元，参加
  10. 人才基金：面向新一代深度测序技术的智能化因果推断算法研究，2012-10-01--2013-10-01，1.5万元，主持

教学工作

2012年-2013年第二学期：

智能计算基础，32学时，2学分，本科限选。

生命科学概论，32学时，2学分，本科任选。

2013-2014第一学期：

模式识别，研究生

自2014-2015第一学期起，主要从事

离散数学(A)I

离散数学(A)II

两门课的教学工作。

论文/期刊

我从事分子系统生物学和计算机视觉两个方向的研究。近两年主要探索两个研究热点问题：细胞分化与转化的化学诱导机制、利用对抗生成式网络进行图像内容合成。今后还希望研究新能源电池等领域的新型功能材料。

以下是主要代表性论文，*号标注通讯作者/共同通讯作者，^号标注共同第一作者。

[1] Yi Liu, Hongbin Zha, Hong Qin, Shape Topics: A Compact Representation and New Algorithms for 3D Partial Shape Retrieval, IEEE Computer Society Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR 2006), vol.2, pp: 2025-2032, 2006. [CCF A类会议]

[2] Yi Liu, Xu-Lei Wang, Hongbin Zha, Dimension Amnesic Pyramid Match Kernel, the Twenty-Third AAAI Conference on Artificial Intelligence, (AAAI 2008) 2008. [CCF A类会议]

[3] Yi Liu*, Xu-Lei Wang, Hua-Yan Wang, Hongbin Zha*, Hong Qin, Learning Robust Similarity Measures for 3D Partial Shape Retrieval, International Journal of Computer Vision (IJCV 2010), Volume 89 Issue 2-3, September 2010. [CCF A类期刊]

[4] Yi Liu^, Dali Han^, Yixing Han^, Zheng Yan, Bin Xie, Jing Li, Nan Qiao, Haiyang Hu, Philipp Khaitovich, Yuan Gao and Jing-Dong J. Han*. Ab initio identification of transcription start sites in the Rhesus macaque genome by histone modification and RNA-Seq. Nucleic Acids Research (NAR 2011), Volume 39, Issue 4, 2011. 

[5] Yi Liu^, Nan Qiao^, Shanshan Zhu, Ming Su, Na Sun, Jerome Boyd-Kirkup and Jing-Dong J. Han*. A novel Bayesian network inference algorithm for integrative analysis of heterogeneous deep sequencing data. Cell Research, (2013) 23:440–443; doi:10.1038/cr.2013.8 (Nature Publishing Group期刊: www.nature.com/cr) 

[6] Jin e Li^,Yi Liu^,Min Liu,Jing-Dong Jackie Han*. Functional Dissection of Regulatory Models Using Gene Expression Data of Deletion Mutants. PLoS Genetics. Sep, 2013 (^:共同第一作者)

[7] Wei Zhang^, Yi Liu^, Na Sun, Dan Wang, Jerome Boyd-Kirkup, Xiaoyang Dou, and Jing-Dong Jackie Han*. Integrating Genomic, Epigenomic, and Transcriptomic Features Reveals Modular Signatures Underlying Poor Prognosis in Ovarian Cancer. Cell Reports. Aug, 2013 ( ^:共同第一作者，Cell子刊: http://www.cell.com/cell-reports)

[8] Jialiang Huang, Yi Liu, Wei Zhang, Hong Yu, Jing-Dong J. Han*, eResponseNet: a package prioritizing candidate disease genes through cellular pathways, Bioinformatics, Volume 27, Issue 16, pp. 2319-2320, 2011.

[9] Weizhong Chen^, Yi Liu^, Shanshan Zhu, Christopher D. Green, Gang Wei, Jing-Dong Jackie Han. Improved nucleosome-positioning algorithm iNPS for accurate nucleosome positioning from sequencing data. Nature Communications. doi:10.1038/ncomms5909. (^:共同第一作者， Nature子刊)  

[10] Lei Hou^, Dan Wang^, Di Chen^, Yi Liu, Yue Zhang, Hao Cheng, Chi Xu, Na Sun, Joseph McDermott, William B. Mair, Jing-Dong J. Han*. A Systems Approach to Reverse Engineer Lifespan Extension by Dietary Restriction. Cell Metabolism, March 8, 2016. (Cell子刊)

[11] Bojun Xie, Yi Liu*, Hui Zhang, Jian Yu. A novel supervised approach to learning efficient kernel descriptors for high accuracy object recognition. Neurocomputing, Volume 182, pp. 94-101, 2016.

[12] Weizhong Chen^, Yi Liu^, Shanshan Zhu, Guoyu Chen, Jing-Dong J. Han*. Inter-nucleosomal communication between histone modifications for nucleosome phasing. PLoS Computational Biology, September, 2018. (^:共同第一作者)

[13] Jingtao Guo, Yi Liu*. Image completion using structure and texture GAN network. Neurocomputing, Volume 360, pp. 75-84, 2019.

[14] Jingtao Guo,  Yi Liu*. Attributes guided facial image completion. Neurocomputing, Volume 392, pp. 60-69, 2020.

[15] Jieting Xue, Jingtao Guo,  Yi Liu*. User-Guided Chinese Painting Completion–A Generative Adversarial Network Approach. IEEE Access, Volume 8, pp. 187431-187440, 2020.

[16] Hong Zhao, Yi Zhang, Xiaochan Xu, Chunyan Yang, Hao Wang, Yanmeng Tao, Yang Yang, Jingdong Wu, Junbo Yang, Xiaochun Yang, Yi Liu*, Yang Zhao*. Sall4 and Myocd empower direct cardiac reprogramming from adult cardiac fibroblasts after injury. Frontiers in Cell and Developmental Biology (Switzerland), section Molecular Medicine, Volume 9, Feb, 2021.

[17] Jingtao Guo, Yi Liu*. Facial parts swapping with generative adversarial networks. Journal of Visual Communication and Image Representation, Volume 78, July, 2021.

[18] Qiushi Sun, Jingtao Guo, Yi Liu*. Face image synthesis from facial parts. EURASIP Journal on Image and Video Processing, 2022(1).

[19] Qiushi Sun, Jingtao Guo, Yi Liu*. PattGAN: Pluralistic face attribute editing.  IEEE Access, accepted, 2022.

[20] Qiushi Sun^,  XIaochun Yang^, Jingtao Guo,  Yang Zhao*,  Yi Liu*. CIEGAN: a deep learning tool for cell image enhancement.  Frontiers in Genetics (Switzerland), section Computational Genomics, accepted, 2022.

[21] Xiaochun Yang^, Daichao Chen^, Qiushi Sun^, Yao Wang, Yu Xia, Jinyu Yang, Chang Lin, Xin Dang, Zimu Cen, Dongdong Liang, Rong Wei, Ze Xu, Guangyin Xi, Gang Xue, Can Ye, Li-Peng Wang, Peng Zou, Shi-Qiang Wang, Pablo Rivera-Fuentes, Salome Püntener, Zhixing Chen, Yi Liu*, Jue Zhang*, Yang Zhao*. A live-cell image-based machine learning strategy for reducing variability in PSC differentiation systems. Cell Discovery. 2023 Jun 6;9(1):53. ( 论文网址: https://www.nature.com/articles/s41421-023-00543-1 )

新闻:  https://news.pku.edu.cn/jxky/0619fc67df9d4425ac5de249246ebaa1.htm   

           https://www.163.com/dy/article/I6NVSFMF0534Q32Z.html

[22] Xinyu Yang, Runhan Li, Xindi Yang, Yong Zhou, Yi Liu, Jing-Dong Han*, Coordinate-Wise Monotonic Transformations Enable Privacy-Preserving Age Estimation with 3D Face Point Cloud. Science China Life Sciences. 2024.

[23] Xindi Yang^, Zeke Xie^*, Xiong Zhou, Boyu Liu, Buhua Liu, Yi Liu, Haoran Wang, Yunfeng Cai, Mingming Sun, Neural Field Classifiers via Target Encoding and Classification Loss. The Twelfth International Conference on Learning Representations (ICLR 2024).


Manuscript in preparation:

[1] Jingtao Guo, Zhenzhen Qian, Zuowei Zhou, Yi Liu. MulGAN: Facial Attribute Editing by Exemplar. http://arxiv.org/abs/1912.12396

[2] Jingtao Guo, Yi Liu, Zhenzhen Qian, Zuowei Zhou. Exemplar-based Generative Facial Editing. http://arxiv.org/abs/2006.00472

除上述工作外，本人还以通讯作者在J Vis Commun Image R、Front Comput Sci等SCI(E)期刊发表研究论文。

专著/译著

专利

软件著作权

获奖与荣誉

2014年入选北京交通大学“卓越百人计划”第四层次人才

社会兼职

曾任SCI期刊Frontiers of Computer Science 青年Associate Editor