周雪忠

基本信息

教育背景

1999.9-2005.1，浙江大学计算机学院硕博连读，获计算机应用技术博士学位

1995.9-1999.7，兰州大学计算机系，获计算机软件专业本科学位

工作经历

2016.7-2016.8 香港科技大学计算机科学与工程系访问学者

2016.1-2016.2 美国哈佛大学医学院Channing division of network medicine访问学者

2015.12-至今，北京交通大学计算机学院教授，博士生导师

2011.1-2012.1 美国东北大学复杂网络研究中心(www.barabasilab.com)访问学者

2010.11-2015.12, 北京交通大学计算机学院副教授

2010-7, 澳大利亚悉尼大学信息学院访问交流

2009.4-至今， 北京交通大学计算机学院硕士生导师

2009-8, 杜克大学-新加坡国立大学联合医学研究院访问学者

2007.6-2010.10  北京交通大学计算机学院讲师

2005.1-2007.3 中国中医科学院博士后

研究兴趣

主要研究方向为：数据挖掘、机器学习、知识图谱及其在医学领域的人工智能应用，网络医学和网络药理学等。

(1)数据挖掘：面向医学领域的文本挖掘（基于深度学习的命名实体抽取、关系抽取和事件抽取等算法研究）和复杂网络结构数据挖掘（基于深度表示学习的链接预测和社团分析算法等）；

(2)机器学习：研究面向临床诊断与辅助治疗的深度学习和强化学习算法，实现智能诊断和临床治疗方案的智能推荐技术；研究因果学习算法，实现真实世界医疗大数据中的循证证据发现。

(3)知识图谱：面向临床辅助决策支持和新药研发问题，研制新型知识表示方法，信息抽取、知识融合和知识补全等算法，构建大规模医学知识图谱，并研究融合多模态数据的医学诊断和治疗方案推荐技术。

(4)网络医学与网络药理学：采用基于复杂网络为主的数据挖掘方法，进行疾病精准分型及其生物学机制、中西药网络药理机制等的分析与预测算法研究。

研究方向

• 机器学习与认知计算
• 人工智能及应用
• 计算机技术
• 软件工程
• 人工智能
• 网络与信息安全
• 大数据技术与工程

招生专业

• 计算机科学与技术硕士
• 计算机技术硕士
• 软件工程硕士
• 人工智能硕士
• 网络与信息安全硕士
• 大数据技术与工程硕士
• 计算机科学与技术博士
• 计算机技术博士
• 人工智能博士

科研项目

1. 2022.1-2024.12，国家自然基金面上项目，结合网络医学与人工智能的证候生物学机制分析方法学研究；
2. 2022.1-2023.12，行业横向项目，疫病知识图谱构建与假设验证系统研发；
   
3. 2021.1-2023.12，北京市自然基金面上专项，基于临床数据挖掘的优效新冠肺炎中药处方筛选及分子网络机制分析；
   
4. 2018-01-2021-12，国家重点研发计划课题，中医药大数据挖掘研究与创新应用；
5. 2014-01-2018-12，中医药行业专项，基于慢性疾病病例登记系统的数据分析挖掘方法研究；
6. 2013-01-2017-12，国家自然基金重点项目，阶梯递进的辨证论治疗效评价方法研究；
7. 2013-01-2016-12，国家科技支撑计划项目，名老中医特色有效方药传承研究；
8. 2012-01-2017-12，中医药行业专项，全国中医医疗与临床科研信息共享的推广应用研究；
9. 2012-01-2014-12, 国家自然科学基金委员会，国家自然基金面上项目，表型与基因型功能关联的数据整合和网络分析方法研究。

教学工作

1. 高级语言程序设计(A)， 本科生课程。

2. 数据挖掘，研究生课程

3. 复杂网络，研究生课程

4. 人工智能导论， 本科生课程

论文/期刊

发表论文180余篇，其中SCI论文70余篇，包括Nature、Science Bulletin, Nature Communications和NAR等期刊，Google Scholar引用达6200余次，SCI总引3000余次。详细学术论文见个人学术主页(https://www.researchgate.net/profile/Xuezhong_Zhou）, 部分学术论文信息如下：

[1].    Zhang Y, Wang N, Du X, Cheng T, Yu Z, Qing Y, Cheng M, Yu M, Wang P, Zhang H, Zhou X*, Huang L*, Xu H*. SoFDA: an integrated web platform from syndrome ontology to network-based evaluation of disease–syndrome–formula associations for precision medicine. Science Bulletin. March, 2022; DOI: 10.1016/j.scib.2022.03.013.

[2].    Yang K, Zheng Y, Lu K, Chang K, Wang N, Shu Z, Yu J, Liu B, Gao Z, Zhou X*. PDGNet: Predicting Disease Genes Using a Deep Neural Network With Multi-View Features. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2022 Jan-Feb;19(1):575-584.

[3].    Shu Z, Wang J, Sun H, Xu N, Lu C, Zhang R, Li X, Liu B, Zhou X*. Diversity and molecular network patterns of symptom phenotypes. NPJ Syst Biol Appl. 2021 Nov 30;7(1):41.

[4].    Shu Z, Chang K, Zhou Y, Peng C, Li X, Cai W, Wei L, Zheng Q, Tian H, Xia J, Yang K, Wang N, Liu J, Min X, Yan D, Sun J, Wu H, Li X, Zheng Y, Yu Z, Lu X, Yang Y, Jia T, Ji J, Zou Q, Wang Y, Xiao M, Zhang Q, Xiong Y, Sun F, Zhu Q, Jiang X, Wang G, Tang SC, Zhang J, Li X, Zhang N, Zhang B, Tong X, Liu B, Zhou X, Chan KW, Li X. Add-On Chinese Medicine for Coronavirus Disease 2019 (ACCORD): A Retrospective Cohort Study of Hospital Registries. Am J Chin Med. 2021;49(3):543-575.

[5].    Wang N, Du N, Peng Y, Yang K, Shu Z, Chang K, Wu D, Yu J, Jia C, Zhou Y, Li X, Liu B, Gao Z*, Zhang R*, Zhou X*, Network patterns of herbal combinations in traditional Chinese clinical prescriptions. Frontiers in Pharmacology. 2021 Jan. 11:590824.

[6].    Yang K, Lu K, Wu Y, Yu J, Liu B, Zhao Y, Chen J, Zhou X*. A network-based machine-learning framework to identify both functional modules and disease genes. Hum Genet. 2021 Jun;140(6):897-913.

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[8].    Shu Z, Zhou Y, Chang K, Liu J, Min X, Zhang Q, Sun J, Xiong Y, Zou Q, Zheng Q, Ji J, Poon J, Liu B, Zhou X*, Li X. Clinical features and the traditional Chinese medicine therapeutic characteristics of 293 COVID-19 inpatient cases. Front Med. 2020 Sep 14:1–16. doi: 10.1007/s11684-020-0803-8. Epub ahead of print. PMID: 32926319; PMCID: PMC7488634.

[9].    Lu K, Yang K, Niyongabo E, Shu Z, Wang J, Chang K, Zou Q, Jiang J, Jia C, Liu B, Zhou X*. Integrated network analysis of symptom clusters across disease conditions. J Biomed Inform. 2020 Jul;107:103482. doi: 10.1016/j.jbi.2020.103482. Epub 2020 Jun 11. PMID: 32535270.

[10]. Xu X, Yang K, Zhang F, Liu W, Wang Y, Yu C, Wang J, Zhang K, Zhang C, Nenadic G, Tao D, Zhou X*, Shang H, Chen J. Identification of herbal categories active in pain disorder subtypes by machine learning help reveal novel molecular mechanisms of algesia. Pharmacol Res. 2020 Jun;156:104797. doi: 10.1016/j.phrs.2020.104797. Epub 2020 Apr 8. PMID: 32278044.

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[12]. Huang M, Wang J, Zhang R, Ni Z, Liu X, Liu W, Kong W, Chen Y, Huang T, Li G, Wei D, Liu J, Zhou X*. Symptom network topological features predict the effectiveness of herbal treatment for pediatric cough. Front Med. 2019 Sep 7. doi: 10.1007/s11684-019-0699-3.

[13]. Wang N, Li P, Hu X, Yang K, Peng Y, Zhu Q, Zhang R, Gao Z, Xu H, Liu B, Chen J, Zhou X*. Herb Target Prediction Based on Representation Learning of Symptom related Heterogeneous Network. Comput Struct Biotechnol J. 2019 Feb 8;17:282-290.

[14]. Wu Y, Zhang F, Yang K, Fang S, Bu D, Li H, Sun L, Hu H, Gao K, Wang W, Zhou X*, Zhao Y*, Chen J*. SymMap: an integrative database of traditional Chinese medicine enhanced by symptom mapping. Nucleic acids research (2019). 2019 Jan. doi: 10.1093/nar/gky1021.

[15]. Yang K, Wang N, Liu G, Wang R, Yu J, Zhang R, Chen J, Zhou X*. Heterogeneous network embedding for identifying symptom candidate genes. J Am Med Inform Assoc. 2018 Nov 1;25(11):1452-1459. doi: 10.1093/jamia/ocy117.

[16]. Zhou X, Lei L, Liu J, Halu A, Zhang Y, Li B, Guo Z, Liu G, Sun C, Loscalzo J, Sharma A, Wang Z. A Systems Approach to Refine Disease Taxonomy by Integrating Phenotypic and Molecular Networks. EBioMedicine. 2018 Apr 6. pii: S2352-3964 (18)30123-3. doi: 10.1016 /j.ebiom.2018.04.002.

[17]. Xu WM, Yang K, Jiang LJ, Hu JQ, Zhou XZ*. Integrated Modules Analysis to Explore the Molecular Mechanisms of Phlegm-Stasis Cementation Syndrome with Ischemic Heart Disease. Front Physiol. 2018 Jan 22;9:7. 

[18]. Shu Z, Liu W, Wu H, Xiao M, Wu D, Cao T, Ren M, Tao J, Zhang C, He T, Li X, Zhang R, Zhou X*. Symptom-based network classification identifies distinct clinical subgroups of liver diseases with common molecular pathways. Comput Methods Programs Biomed. 2018 Feb 22. pii: S0169-2607(17)30780-0. doi: 10.1016/j.cmpb.2018.02.014.

[19]. 孔维莲, 徐丽丽, 薛燕星, 刘保延, 王映辉, 周雪忠, & 张润顺. 基于复杂网络的薛伯寿教授临床处方用药规律分析研究. 世界科学技术: 中医药现代化, 2017;19(1), 55-62.

[20]. 袁玉虎, 周雪忠, 张润顺, & 李晓东. 面向中医临床现病史文本的命名实体抽取方法研究. 世界科学技术: 中医药现代化, 2017; 19(1), 70-77.

[21]. Huang E W, Wang S, Zhang R, et al. PaReCat: Patient Record Subcategorization for Precision Traditional Chinese Medicine[C]//Proceedings of the 7th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics. ACM, 2016: 443-452.

[22]. Ma W, Zhang L, Zeng P, Huang C, Li J, Geng B, Yang J, Kong W, Zhou X, Cui Q, An analysis of human microbe-disease associations. Briefings in Bioinformatics. Feb 2016.

[23]. Xuezhong Zhou*, Yubing Li, Yonghong Peng, Jingqing Hu, Runshuang Zhang, Liyun He, Yinghui Wang, Lijie Jiang, Shiyan Yan, Peng Li, Qi Xie, Baoyan Liu*, Clinical Phenotype Network: the underlying mechanism for personalized diagnosis and treatment of traditional Chinese medicine. Frontier of medicine, 2014, 8(3):337-346.

[24]. 杨丽, 周雪忠*,毕斓馨,张润顺,王映辉,刘保延,谢琪,基于案例推理的中医临床诊疗决策支持系统. 世界科学技术-中医药现代化.2014;16(3):474-480.

[25]. Zhou X*, Menche J, Barabasi A-L, Sharma A, Human symptoms disease network. Nature communications. 2014 Jun;5:4212.

[26]. Yukinori Okada、Di Wu、Gosia Trynka、Towfique Raj、Chikashi Terao、 Katsunori Ikari、...、Xuezhong Zhou、..., Robert M Plenge, Genetics of rheumatoid arthritis contributes to biology and drug discovery, Nature, 2014, 506(7488): 376.

[27]. Baoyan Liu, Xuezhong Zhou, Yinhui Wang, Jingqing Hu, Liyun He, Runshun Zhang, Shibo Chen, Yufeng Guo, Data processing and analysis in real-world traditional Chinese medicine clinical data: challenges and approaches. Statistics in medicine, 2012;31:653-660.

[28]. 冯奇, 周雪忠, 黄厚宽, 张小平, SHP-VI:一种基于最短哈密顿通路的POMDP值迭代算法. 计算机研究与发展. 2011;48(12):2343-2351.

[29]. Xuezhong Zhou, Yonghong Peng, Baoyan Liu. Text mining for traditional Chinese medical knowledge discovery: a survey. Journal of Biomedical Informatics. Volume 43, Issue 4, August 2010, Pages 650-660 (SCI).

[30]. Xuezhong Zhou, Shibo Chen, Baoyan Liu, Runsun Zhang, Yinghui Wang, Ping Li, et al. Development of Traditional Chinese Medicine Clinical Data Warehouse for Medical Knowledge Discovery and Decision Support. Artificial Intelligence in medicine. 2010 February-March;48 (2-3):139-152.

[31]. 张小平, 周雪忠, 黄厚宽, 冯奇, 陈世波. 基于词相似性与CRP的主题模型, 人工智能与模式识别, 2010.2;23(1):72-76.

[32]. 吴荣, 聂晓燕, 王阶, 周雪忠, 基于贝叶斯网络的名老中医治疗冠心病辨证规律研究. 中国中医药信息杂志.2010,17(5):98-99.

[33]. Qi Feng, Xuezhong Zhou, Houkuang Huang, Xiaoping Zhang, An Uncertainty-based Belief Selection Method for POMDP Value Iteration. ECSQARU 2009, 1-3 July 2009, Verona (Italy), 841-849.

[34]. 周雪忠，刘保延，王映辉，张润顺，李平. 复方药物配伍的复杂网络方法研究. 中国中医药信息杂志.2008;15(11):98-100.

[35]. Xuezhong Zhou, Baoyan Liu, Zhaohui Wu, Yi Feng, Integrative mining of traditional Chinese medicine literature and MEDLINE for functional gene networks. Artificial Intelligence in Medicine, 2007,41, pp.87-104 (SCI/EI).

[36]. 刘保延,周雪忠. 中医临床研究方法的思考与实践——系统生物学湿干研究模式与中医临床研究. 世界科学技术-中医药现代化, 2007;9(1):85-9.

[37]. Yi Feng, Zhaohui Wu, Xuezhong Zhou, Zhongmei Zhou., Knowledge discovery in traditional Chinese medicine: state of the art and perspectives. Artificial Intelligence in Medicine. 2006,Vol.38, pp.219-236.

[38]. Xuezhong Zhou, Zhaohui Wu, Aining Yin, Lancheng Wu, Weiyu Fan, Ruen Zhang, Ontology development for unified traditional Chinese medical language system. Artificial Intelligence in Medicine, 2004, Vol 32, pp.15-27.

[39]. Zhaohui Wu, Xuezhong Zhou, Baoyan Liu, Junli Chen, Text mining for finding functional community of related genes using TCM knowledge. ECML/PKDD-2004, Italy, Pisa, Lecture Notes in Artificial Intelligence (LNAI). 2004, Vol.3202, pp.459-470.

[40]. 周雪忠，吴朝晖，刘保延，生物医学文献知识发现研究与展望。复杂系统与复杂性科学杂志，2004;1(3): 45-55.

[41]. 周雪忠，吴朝晖，文本知识发现：基于信息抽取的文本挖掘。计算机科学，2003;30(1): 63-67.

专著/译著

专利

软件著作权

(1) 临床病历文本智能结构化处理系统[简称:文本智能结构化处理系统]V1.0, 2021SR0023756, 原始取得, 全部权利,2020-5-24.

(2) 慢性疾病数据分析与挖掘Web系统V1.0, 2019SR0274922, 原始取得, 全部权利, 2019-1-14.

(3) 中医医案管理系统1.0, 2019SR0598154, 原始取得, 全部权利, 2018-12-20.

(4) 中医临床病历文本标注信息抽取系统[简称: 信息抽取系统]1.0, 2019SR0409519, 原始取得, 全部权利, 2018-12-20.

(5) 基于人机协同的医学信息抽取质量管理和挖掘分析系统[简称:人机协同的医学信息抽取质量管理和挖掘分析系统]V1.0, 2019SR0310096, 原始取得, 全部权利, 2018-12-28.

获奖与荣誉

获得国家科技进步二等奖1项，北京市科技进步二等奖、中医药国际贡献奖科技进步一等奖和中华中医药学会科技一等奖等省部级或学会科技奖励10余项。

(1)中医真实世界临床研究范式、方法及应用，北京市科学技术奖科学技术进步二等奖，2022；

(2) 针灸临床评价技术体系研发与应用，第七届(仲景杯) 中医药国际贡献奖-科技进步奖一等奖，2022;

(3)大数据技术在中医药领域的创新应用，中华中医药学会科学技术奖二等奖，2022；

(4)基于真实世界的中医骨伤科临床研究模式的建立及推广应用，2022年度中国中西医结合学会科学技术奖二等奖，2022;

(5) 冠心病痰瘀互结证特征、分布和演变规律发现, 中国中西医结合学会科学技术二等奖, 2020；

(6) 基于名老中医临床诊疗数据的知识发现方法学及应用示范, 中华中医药学会科技进步二等奖, 2016；

(7) 基于数据挖掘技术冠心病证治规律及临床评价的真实世界研究,北京市科技进步三等奖, 2015；

(8) 调理脾胃法诊疗冠心病心绞痛方案的挖掘与应用, 中华中医药学会科技进步三等奖, 2012；

(9) 中医临床科研信息共享系统, 国家科技进步二等奖, 2009；

(10) 中医药个体诊疗临床科研信息一体化技术体系的研究, 中华中医药学会科技进步一等奖, 2007。

社会兼职

1.专委会学术兼职

(1)中国中医药信息学会中医药健康大数据分会   会长

(2)中国中医药信息学会人工智能分会   副会长

(3)中国中医药信息学会心脏康养分会 副会长

(4)世界中医药学会联合会临床疗效评价专委会  副会长

(5)世界中医药学会联合会中药系统科学与工程  副会长

(6)中国生物工程学会生物医药大数据专委会(筹)  副会长

2. 期刊评审人

  现为英文期刊BIB、JAMIA、Artificial Intelligence in Medicine、IEEE SMC-Part A、JBI等受邀评审人；中文期刊计算机学报、中医杂志、中国中药杂志等的受邀评审人；

3. 学术会议程序委员及评审人

  国际人工智能顶级学术会议ICML (2015)，IJCAI (2016, 2017, 2020, 2021,2022 )，NIPS (2015)，AAAI (2019, 2020)，BIBM (2015-2022)等程序委员。